Az 55 éves Johnsonról március 26-án állapították meg, hogy megfertőződött a Covid-19-járványt okozó, SARS-CoV-2 nevű vírussal, a betegség enyhe tüneteit észlelte magán. Az eredeti terv alapján a brit kormányfő egy hetet töltött volna elkülönítésben Downing Street-i rezidenciáján. Állapota azonban romlott, és április 5-én a londoni St. Thomas kórházba szállították. Johnson egy hetet töltött a kórházban, ebből három napot intenzív osztályon, utána a brit miniszterelnökök vidéki rezidenciáján, a dél-angliai Chequersben lábadozott, és csak hétfőn állt munkába.
A Sun on Sunday című konzervatív vasárnapi brit tömeglapnak adott interjúban a kormányfő úgy fogalmazott: nem volt "különösebben ragyogó" állapotban, és tudta, hogy már megvoltak a készenléti tervek arra az esetre, ha "valami nagyon balul ütne ki". "Az orvosoknak stratégiájuk volt arra, hogy miként kezeljenek egy 'Sztálin halála'-típusú forgatókönyvet" - tette hozzá, a brit-francia filmszatírára utalva.
Elmondta: intenzív kezelése alatt "literszámra nyomták" tüdejébe az oxigént, arcán légzőmaszk volt, az orrába is oxigénvezetéket helyeztek, és "volt egy rossz pillanat", amikor 50 százalék volt az esélye annak, hogy a légcsövében is oxigénvezetéket kelljen elhelyezni.
Johnson nem először tesz egyenes utalást arra, hogy majdnem belehalt a Covid-19 betegségbe. Nem sokkal azután, hogy távozhatott a kórházból, a Twitteren közzétett videóüzenetében közölte: kezelésének ideje alatt volt két nap, amikor "bármerre eldőlhetett volna a dolog". Hozzátette: semmi kétség nem fér ahhoz, hogy a St. Thomas kórház orvosai és ápolói az életét mentették meg.
A végkielégítések ügyében is nagy a kormányzati tervek támogatása. 
