Megszűnt a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség, az uniós fejlesztési programok végrehajtása a szaktárcákhoz kerül, míg a források felhasználását a Miniszterelnökség koordinálja.

Az Országgyűlés december 17-én adott felhatalmazást a kormánynak, hogy rendeletben állítsa fel az új fejlesztéspolitikai intézményrendszert. A parlament részletszabályokat nem határozott meg az új fejlesztési intézményrendszerre.

A Miniszterelnökségen belül egy központi koordináló szervet hoznak létre, amely ellenőrzi majd a 2014-2020 közötti hét évre felvázolt pályának az alakulását. Ebben a végleges szerkezetben történik majd a 2007-2013-as időszak programjainak kifuttatása, illetve a 2014-2020-as időszak tervezése és végrehajtása. Az átalakítás legfontosabb része, hogy a jövőben az adott területért stratégiailag felelős minisztériumokhoz kerülnek az adott témát kezelő irányító hatóságok.

A Miniszterelnökségbe olvadó horizontális szervezeti egységekkel oda kerülnek a Nemzeti Fejlesztési Kabinet titkársági feladatai, a konstrukciók előzetes vizsgálata és jóváhagyása, a kommunikáció, a társadalmi egyeztetés kérdése, a jogorvoslati ügyek, a humánkérdések és a fejlesztési források teljes informatikai monitoringja. Ugyancsak a Miniszterelnökségnek jut a költségvetési fejezet kezelése - a XIX. fejezet kezeli az európai uniós forrásokat - és a közbeszerzés felügyelete is.

A minisztériumokhoz kerülő irányító hatóságok helyettes államtitkárságokként működnek majd, míg a Miniszterelnökségbe olvadó volt NFÜ-főosztályok ott is főosztályok maradnak.

A megszűnő fejlesztési ügynökség szakembereit nem küldik el, közülük 350 az egyes minisztériumokhoz kerül, 300 főt pedig a Miniszterelnökség foglalkoztat tovább.