Emiatt több Keleti pályaudvart érintő vonat menetrendje, útvonala és végállomása módosul. Június 17-től 18-ig a Tulipán InterCity a Keleti pályaudvar helyett a Nyugatiból indul, a Holló InterCity pedig a Keleti helyett a Nyugati pályaudvarra érkezik. A Budapest–Békéscsaba–Lőkösháza közötti nemzetközi és belföldi InterCity vonatok, továbbá a belföldi gyorsvonatok is a Nyugati pályaudvarról indulnak és oda futnak be a Keleti helyett.

Az egri és a sátoraljaújhelyi vonatok Budapest és Hatvan között minden állomáson és megállóhelyen megállnak, mert a hatvani elővárosi személyvonatok nem közlekednek. A szolnoki gyorsított személy- és zónázó vonatok minden állomáson és megállóhelyen megállnak, mert a nagykátai és sülysápi elővárosi személyvonatok nem közlekednek.

A nemzetközi vonatokat is érinti a vágányzári változás, a Budapest-Keleti–Szob–Párkány útvonalon közlekedő EuroCity vonatok a Nyugatit használják. A Hortobágy nemzetközi EC vonatpár a Keleti érintése nélkül közlekedik, a vonatokra Kelenföldön lehet fel- és leszállni.

Június 19-től 23-ig, 26-tól 30-ig, továbbá július 3-tól 7-ig a Budapest–Hatvan és a Budapest–Újszász–Szolnok vonalon a vonatok módosított menetrend szerint közlekednek. A gödöllői és a munkanapi sülysápi személyvonatoknak a Keleti helyett Kőbánya felső lesz a kiinduló és a végállomása.  A Keleti pályaudvar és Kőbánya felső között mindkét irányban a gödöllői vonatokhoz az egri és a sátoraljaújhelyi vonatokkal biztosítják az eljutást. A sülysápi vonatokhoz az eljutást a Keletiből Kőbánya felsőre minden óra 15. percében induló szolnoki zónázó vonatok, Kőbánya felsőről a Keletibe pedig a minden óra 39. percében induló szolnoki zónázó vonatokkal biztosított a csatlakozás.

Június 19-től július 7-ig a Budapest–Kelebia közötti személyvonatok Kőbánya-Kispestről fordulnak a Keleti helyett.