A magyarországi egészségügyi határérték szerint legfeljebb 50 mikrogramm klorofill lehet egy liter vízben, ez jelzi az algák mennyiségét. A tó legalgásabb területén, a Keszthelyi-medencében is literenként 20 mikrogramm alatt maradt a koncentráció, és ez az érték kelet felé haladva fokozatosan csökken.
Keletről nyugat felé haladva azonban egyre több fikocianint, azaz kékalgaszínanyagot lehet mérni a tóban, de ez sem éri el azt az értéket, amely bármiféle közegészségügyi kockázatot jelentene.
Az árvaszúnyogok rajzása idején a levedlett bábbőrök néhol habos lepedéket képeznek a parti övben, esetenként a nyílt vízen is. A kutatók jelentése szerint ez a szürkésfehér anyag kellemetlen kinézete ellenére semmilyen tekintetben nem veszélyezteti a fürdőzőket.