A NAV oldaláról elérhető EKÁER portálon már aktív a regisztráció menüpont, ahol a bejelentésre kötelezettek és törvényes képviselőik regisztrálhatnak. Szintén regisztrálhat a bejelentésre kötelezett nevében az, aki a NAV-nál állandó meghatalmazottként szerepel, vagy az is, akit az elektronikus ügyintézésre az adózó feljogosított.
A törvényes képviselő és az állandó meghatalmazott ún. elsődleges felhasználóként tud regisztrálni az EKÁER-be. A regisztráció feltétele az elsődleges felhasználók esetében az ügyfélkapus hozzáférés megléte. Az elsődleges felhasználók a regisztrációt követően jogosultak más felhasználók (ún.: másodlagos felhasználók) számára az EKÁER-ben jogosultságokat biztosítani illetve visszavonni, valamint módosítani és a jogosultságok terjedelmét is meghatározni.