Ráadásul az ügynek minden bizonnyal önmagán túlmutató következményei lesznek. Az a gyakorlat ugyanis, amivel a Boehringert „túladóztatták”, az összes államnak beszállító gyógyszergyártót érinti, és más iparágak érintettjei is megpróbálkozhatnak ezek után a befizetett áfájuk egy részének visszakérésével - figyelmeztet a Telex az ügy kapcsán.
A Boehringer kontra NAV ügy onnan indult, hogy a gyógyszertártó cég magyarországi fióktelepe úgynevezett önellenőrzés alapján visszaigényelt az államtól jelentős összegű áfát, mert álláspontja szerint az általa a magyar piacon forgalmazott, tb-támogatott gyógyszerek után ténylegesen kevesebb pénz maradt nála, mint amennyit az állami egészségbiztosító (NEAK) fizetett neki a gyógyszerekért – az áfát viszont a teljes összeg után fizették be az államkasszába.
Az állami egészségügyi gyógyszerbeszerzés világa speciális piac, ahol a gyártók úgynevezett támogatásvolumen-szerződéseket kötnek a NEAK-kal. A megállapodás alapján, ha bizonyos volument elér a lehívás, akkor a cégeknek visszafizetési kötelezettsége keletkezik. Arra, hogy miképp lehetséges mindez, a Telex az érthetőség kedvéért egy fiktív példát is hoz:
Alapesetben 100 Ft/doboz áron veszi át a gyógyszert a biztosító, ám ha a megrendelés eléri az ezer darabot, akkor a szerződés értelmében a gyártónak vissza kell adnia dobozonként 20 forintot (a valóságban természetesen mind árban, mind volumenben nagyobb számokról beszélünk). Ebben a példában tehát a gyógyszergyárnál végső soron lecsapódó bevétel 80 Ft/doboz, az áfát viszont korábban, még a 100 forintos ár alapján fizette.
Pedig az Európai Unió áfa-irányelve egyértelműen fogalmaz, mi a szabály ilyen esetekben: áfát csak a tényleges vételár után szabad beszedni. A Boehringer tehát alappal gondolhatta, hogy az uniós jog szerint visszajárna neki az utólagos „árengedmény” (a fenti példában 20 forinttal szereplő összeg) után befizetett áfa, így perre is ment a NAV-val.
A német gyógyszergyártó mindezen már túl van a saját hazájában, így nem csoda, ha a magyar hatóságokkal is felvette a harcot. Az ügy a magyar bíróság után az Európai Unió bírósága elé került, ahol végül október 6-án meg is született az ítélet, és a bíróság a gyógyszergyártóval értett egyet.
Így a gyógyszergyártónak vissza kell kapnia a perrel érintett időszakra az árengedmény után befizetett áfát. Nem kis összegről van szó, a 2013 október és 2017 december közötti időszakra 354 millió forintot fog visszatéríteni az adóhatóság a cégnek.
A konkrét ügyben született döntés akár lavinát is elindíthat, mert a gyógyszeriparban működő olyan más vállalkozásokat is érinti, amelyek a NEAK-kal támogatásvolumen-szerződéseket kötöttek, vagy a támogatásvolumen-szerződésekben foglaltakhoz hasonló egyéb befizetések teljesítésére kötelezettek jogszabály vagy akár civiljogi megállapodás alapján.
Ezen cégek viszont várhatóan – a behajthatatlan követelések esetében visszajáró áfa és kamatok miatt indított eljárásokhoz hasonlóan – tömegesen kérelmezik majd az utólagos áfa-visszatérítést a következő fél évben. A végösszeg így minden bizonnyal milliárdos nagyságrendű lesz.
Több mint 650 illegális bevándorlóra bukkant Kréta partjainál a görög parti őrség és az Európai Unió határ- és partvédelmi ügynöksége, a Frontex. 
